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1941年
1月上旬，皖南事變發生。
1月20日，為中共中央軍委起草重建新四軍軍部的命令，并對新華社記者發表關于皖南事變的談話，嚴正提出解決皖南事變的十二條辦法。
5月1日，審閱改寫的經中共中央政治局批準的《陜甘寧邊區施政綱領》發布，規定邊區政權建設貫徹“三三制”原則。
5月8日，起草《關于打退第二次反共高潮的總結》的黨內指示，提出“以打對打，以拉對拉”和爭取中間派的策略思想。
5月19日，在延安干部會上作《改造我們的學習》的報告，提出反對主觀主義，闡明實事求是的思想原則。
8月1日，為中共中央起草《關于調查研究的決定》。
9月10日至10月22日，出席中共中央政治局擴大會議，作反對主觀主義和宗派主義的報告。
9月26日，中共中央作出《關于高級學習組的決定》，成立以毛澤東為組長的中央學習組。
秋冬，先后主持編輯《六大以來》、《六大以前》和《兩條路線》等黨的歷史文獻集。
1942年
2月1日，在中共中央黨校開學典禮上作《整頓黨的作風》的報告。
2月8日，在中共中央宣傳部召集的干部會議上作《反對黨八股》的講話。
5月，在延安文藝工作者座談會上發表講話并作結論。
9月7日，為延安《解放日報》撰寫社論，論述精兵簡政是一個極其重要的政策。
12月，向中共中央西北局高干會議提交《經濟問題與財政問題》長篇書面報告，論述“發展經濟，保障供給”的財經工作總方針。
1943年
3月20日，在中共中央政治局會議上被推定為中央政治局主席和中央書記處主席。
5月26日，在中共中央書記處召開的干部大會上作《關于共產國際解散問題的報告》。
6月1日，為中共中央起草關于領導方法的決定。
7月1日，致信康生，指出“防奸”工作應調查研究，分清是非，教育群眾，反對“逼，供，信”。
7月12日，為延安《解放日報》撰寫《質問國民黨》的社論，揭露國民黨頑固派企圖進攻陜甘寧邊區的陰謀。
9月上旬至10月上旬，主持中共中央政治局在這一期間召開的會議，批評王明在十年內戰時期的“左”傾冒險主義錯誤和抗戰初期的右傾機會主義錯誤，在會上多次發言并作小結。
12月，為中央黨校大禮堂落成題詞“實事求是”。
1944年
4月12日和5月20日，先后在中共中央西北局高干會議和中央黨校第一部作關于學習和時局的講演。
5月15日，通過在西安同國民黨代表談判的林伯渠，提出由他起草的作為談判具體內容的意見書。意見書就關于全國政治和兩黨懸案問題，提出二十條意見。
5月21日，在中共擴大的六屆七中全會上被推舉為中央委員會主席和七中全會主席團主席。
6月5日，起草的《中共中央關于城市工作的指示》在中共六屆七中全會討論通過。
6月至8月，多次會見中外記者西北參觀團成員和駐延安美軍觀察組成員，闡述中國共產黨的抗日政策和國共關系等問題。
9月8日，在張思德追悼會上發表《為人民服務》的講話。 10月31日，主持中共六屆七中全會主席團會議，決定派王震、王首道率部南下，“以衡山為中心建立根據地”。
11月，和周恩來等同美國總統羅斯福的私人代表赫爾利多次會談國共關系，并達成五條協定草案。這個協定草案被蔣介石拒絕。
1945年
4月20日，出席中共六屆七中全會最后一次會議，會議基本通過經毛澤東多次作重要修改的《關于若干歷史問題的決議》。
4月23日至6月11日，主持召開中國共產黨第七次全國代表大會，致開幕詞（《兩個中國之命運》）和閉幕詞（《愚公移山》），向大會提交《論聯合政府》書面政治報告。大會確定以毛澤東思想作為全黨一切工作的指針。
6月19日，在中共七屆一中全會上當選為中央委員會主席。
7月，同國民參政員褚輔成、黃炎培等六人就國共關系進行會談。談到通過民主“新路”，跳出政黨、團體興亡“周期律”問題。
8月9日，發表《對日寇的最后一戰》的聲明。
8月13日，發表《抗日戰爭勝利后的時局和我們的方針》的講演，提出對國民黨實行針鋒相對、寸土必爭的方針，爭取國內的和平與民主。
8月28日，赴重慶同蔣介石進行和平談判。
9月2日，日本政府正式簽署投降書。中國抗日戰爭勝利結束。
10月10日，《國民政府與中共代表會談紀要》（簡稱《雙十協定》）在重慶簽署。11日，回到延安。
10月17日，在延安干部會上作關于重慶談判的報告，指出中國革命“前途是光明的，道路是曲折的”。
12月28日，起草《建立鞏固的東北根據地》的指示。
1946年
4月，撰寫《關于目前國際形勢的幾點估計》。
6月26日，國民黨軍大舉進攻中原解放區，全面內戰爆發。
7月4日，作出南線野戰軍“先在內線打幾個勝仗再轉至外線”的戰略決策。
7月20日，起草《以自衛戰爭粉碎蔣介石的進攻》的黨內指示。
8月6日，會見美國記者斯特朗，提出“一切反動派都是紙老虎”的著名論斷。
9月16日，為中共中央軍委起草《集中優勢兵力，各個殲滅敵人》的指示。
10月1日，為中共中央起草黨內指示，總結三個月戰爭的經驗。
11月18日，在為中共中央起草的黨內指示中，第一次使用“人民解放戰爭”的名稱。
1947年
3月18日，率中共中央機關和人民解放軍總部撤離延安，開始歷時一年的陜北轉戰。
3月至8月，領導西北野戰軍先后取得青化砭、羊馬河、蟠龍、沙家店戰役的勝利，粉碎了國民黨對陜北解放區的重點進攻。
7月21日至23日，在陜北靖邊縣小河村主持召開中共中央會議，提出對蔣介石的斗爭用五年時間（從1946年7月算起）解決的設想。在此前后，部署劉鄧、陳粟、陳謝三路大軍渡過黃河，轉入戰略進攻。
10月，起草《中國人民解放軍宣言》，提出“打倒蔣介石，解放全中國”的口號。
11月，將1933年起草的《怎樣劃分階級》和《關于土地斗爭中一些問題的決定》重新印發給全黨，以指導解放區土改運動正確發展。
12月25日至28日，在陜北米脂縣楊家溝主持召開中共中央會議（即十二月會議），向會議提交《目前形勢和我們的任務》的書面報告，提出了十大軍事原則和新民主主義的三大經濟綱領。
1948年
1月18日，為中共中央起草《關于目前黨的政策中的幾個重要問題》的決定草案。
3月23日，結束陜北轉戰，東渡黃河，前往華北解放區。
4月1日，在山西興縣蔡家崖晉綏干部會議上發表重要講話，闡明黨的新民主主義革命總路線和土地改革總路線。
4月30日至5月7日，在河北阜平縣城南莊主持召開中共中央書記處擴大會議，提出把戰爭引向國民黨統治區、發展生產、加強紀律性等幾點意見。
5月1日，致信李濟深、沈鈞儒，提出成立民主聯合政府，宜先行召開新的政治協商會議。
5月27日，到達中共中央工委所在地河北平山縣西柏坡村。
9月8日至13日，在西柏坡主持召開中共中央政治局會議，作關于戰爭、建國、財經等問題的重要報告。
9月至次年1月，組織指揮遼沈、淮海、平津三大戰略決戰，將國民黨軍主力聚殲在長江以北。
12月30日，為新華社寫一九四九年新年獻詞《將革命進行到底》。
1949年
3月，主持召開中共七屆二中全會，提出實現黨的工作重心轉移、奪取全國勝利以及關于新中國建設的指導方針和基本政策。
3月25日，率中共中央機關和人民解放軍總部進駐北平。
4月21日，在南京政府拒絕接受《國內和平協定》的情況下，和朱德聯名發布《向全國進軍的命令》。
4月23日，人民解放軍占領南京，作詩《七律·人民解放軍占領南京》。
6月15日至19日，出席新政協籌備會議第一次全體會議，并在開幕式上講話。
6月30日，發表《論人民民主專政》一文。
7月4日，復電程潛，對程提出的反蔣反桂及和平解決湖南問題之方針，給予贊許，并對有關事宜作出安排。
9月21日至30日，出席中國人民政治協商會議第一屆全體會議，致開幕詞，當選中央人民政府主席。會議通過了由周恩來主持起草、經他多次審閱修改的《共同綱領》。
10月1日，中華人民共和國成立，主持開國大典。
12月5日，頒發《關于一九五○年軍隊參加生產建設工作的指示》。
12月16日，抵達莫斯科，首次訪問蘇聯。1950年2月14日，中蘇簽署《中蘇友好同盟互助條約》。
12月至翌年初，對和平解放西藏作出具體部署。
1950年
6月6日至9日，主持召開中共七屆三中全會，提交《為爭取國家財政經濟狀況的基本好轉而斗爭》的書面報告，并作《不要四面出擊》的講話。
6月28日，主持召開中央人民政府委員會第八次會議，通過《中華人民共和國土地改革法》。
10月上旬，主持中共中央政治局會議，作出“抗美援朝，保家衛國”的決策。
10月8日，發布組成中國人民志愿軍的命令，命令志愿軍迅即向朝鮮境內出動，援助朝鮮人民，并任命彭德懷為志愿軍司令員兼政治委員。隨后親自指導了第一次至第三次戰役。
10月以后，發動和領導了鎮壓反革命運動。
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